「フラット35」とは、公庫がバックアップして低利で長期固定を実現した民間金融機関が売り出す住宅ローンですが、融資条件の内容が公庫融資や民間住宅ローンと異なる点があるので、利用にあたっては十分理解しておくことが大切です。以下、公庫と『フラット35』の主な違いをまとめました。（1）「フラット35」はリフォームは利用できない。（2）「フラット35」の融資対象は公庫の基準より幅広い。例えば、マンションは30平方メートル以上（公庫は50平方メートル以上）住宅建設の土地は面積を問わない（公庫は100平方メートル以上）。
[参考サイト]
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また、収入基準は毎月返済額の4倍以上（公庫は5倍以上）など、より利用しやすい。（3）「フラット35」は保証人が不要で、保証料は必要ない（なお、公庫も平成17年度以降は保証人の要件を廃止、金利に上乗せした）。（4）『フラット35』は一般の火災保険の利用であるのに対して、公庫は格安の特約火災保険が利用できる。（5）『フラット35』の融資額は所要資金の80％で、公庫の年収800万円超は50％になる区分はない。